In den Bergen von Japan steht ein einsamer Ninja. Er hat gefühlt, wie ein alter Feind noch einmal neu erstarkt. Der Name des Ninjas ist Joe Musashi. Sein Feind ist der schon einst besiegte Neo Zeed, der nun eine neue böse Absicht verfolgt, die nur durch einen verhindert werden kann, nämlich Joe Musashi - besser bekannt als - Shinobi!

In the mountains of Japan, a lone Ninja stands. He has felt the presence of an old enemy once again becoming strong. The Ninja's name is Joe Musashi. His enemy is the once-defeated Neo Zeed, which has a new evil purpose that can only be stopped by Joe Masashi - better known as - Shinobi!